回流焊冷却区在回流区之后，是专门制作的冷却模块，外接冷水机，可实现高效冷却。氮气回流焊采用双冷却区冷却：通过水冷式热交换器、冷却风机及出口处的气帘等装置将经过热交换冷却后的气体从上面作用在 PCB 板上。

PCB板经过回流焊接后，必须立即进行冷却，才能得到很好的焊接效果。因此在回流焊炉的最后都是有一个冷却区。氮气回流焊冷却区的结构是一个水循环的热交换器。冷却风扇把热气吹到循环水换热器后，经降温的气体再打到PCB板上。热交换器内的热量经循环水带走，循环水经降温后再流回换热器。

由于在冷却系统中，助焊剂（Flux）容易凝结，因此必须定期检查和清洁助焊剂过滤器上的助焊剂，否则热循环效率的下降会减低冷却系统的效率，使冷却变差，导致产品的焊接质量下降。过热焊接的PCB板的长期稳定性会下降

虽然不同厂家的回流炉的冷却区的结构不尽相同,但基本的原理是一样的。冷却区一般有双面冷却和单面冷却两种结构。单面冷却是指只在传送带的上面装有冷却系统，而双面冷却在传送带上下两面都有冷却系统。一般来讲，用单面的冷却就可以满足普通电子产品的冷却需要。